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JCS의 중등교육은 초등교육 과정에서의 성과를 바탕으로 학습의 자기주도성을 증진시키고 학생들의 재능 계발 및 인격적, 신체적 성장에 주력한다. 영어, 수학, 과학, 한국어와 한국사, 성경 등 여러 수업에서 태블릿 PC, 구글 클래스룸, 디지털 포트폴리오를 활용해 학생들의 자기주도적 학습을 유도한다. 특별 프로젝트, 미술, 음악 수업은 인문, 예술에 대한 기초 소양 함양 및 흥미 유발에 주력하며, 스포츠교육은 신체 능력 향상 및 시민의식과 협동심 계발에 중점을 둔다.